计算机是生化分析仪的大脑，标本、试剂的注加和识别，条码的识别，恒温控制，冲洗控制，结果打印，质控的监控，仪器各种故障的报警等都是由计算机控制完成。仪器一代胜过一代，自动化程度越来越高，有的仪器甚至可以完成部分日常保养程序。自动生化分析仪数据处理功能日趋完善，如：反应进程中吸光度、各种测定方法、各种校准方法室内质控结果的统计等，生化仪都可进行处理。计算机还可以调看患者的数据、仪器的性能指标、仪器的运行状态等，自动生化仪中的质控和患者结果还可通过仪器计算机与实验室信息系统的对接进行网络管理。
程序控制器是系统的硬件部分。它主要包括：
1.微处理器和主机电脑：用于仪器各个单元和总体控制，应具有程控操作、故障诊断、多种数据处理和储存等强大功能。一般根据仪器功能的需要和电脑硬件市场的主流产品来配置。
2.显示器：通常用键盘、鼠标、触摸屏等方式进行操作。
3.系统及配套软件：多采用Windows-NT或Windows界面，具全图形化设计，多菜单选择，信息导引，故障报警，帮助提示，人机“对话”，方便直观，不少仪器有即时反应曲线显示。
4.通过Rs232c等数据接口与其他计算机、打印机等设备传输数据。具人工智能双向通讯系统，仪器可直接自行向主电脑询问患者／样品基本资料及检测项目。有的具远程通讯及监控功能，可遥控远处测试及维修检查，实现网络工作。
自动生化分析仪均采用程序控制的自动分析。分析程序一经确定，工作时只要简单地输人测定项目或编码，仪器即可按编制程序自动完成测定、计算和报告。具体的控制程序因仪器而异，一般分为固定程序和自编程序两种。固定程序为仪器厂家预先设定，常与指定试剂配套；有的不能更改，有的也可由用户修改。它与配套试剂一同使用时，既方便工作，质量也比较可靠，但成本较高。自编程序灵活实用，便于开发新项目，强调程序的灵活性。比如，成批测定过程中应可随时插^急诊标本测定而不打乱原有程序；单个急诊标本测定操作简捷、消耗少，可灵活预稀释或重复测定。
